Der Ständige Ausschuss ist das operative Organ der IBK und tagt in der Regel dreimal im Jahr. Ihm gehören die obersten Funktionsträger:innen der Verwaltungen an. Der Ausschuss führt die laufenden Geschäfte, setzt Kommissionen und Projektgruppen ein, koordiniert deren Arbeit, überwacht den Haushalt und pflegt Kontakte zu anderen Institutionen. Dem erweiterten Ständigen Ausschuss gehören auch Vertreter:innen aus Fachkommissionen, der Geschäftsstelle und weiteren Institutionen an.

Am jährlich stattfindenden Strategiegespräch der IBK-Regierungschefs werden relevante Themen für die Grenzregion vertieft diskutiert und strategische Entscheide gefällt.